Los japoneses tuvieron su primer contacto con el cristianismo en 1549, cuando llegó el jesuita navarro Francisco Javier. Su labor misionera y la de otros misioneros permitieron que el cristianismo se arraigara en Japón, con la protección de señores feudales como Oda Nobunaga. En el suroeste, muchos señores feudales se convirtieron al cristianismo por razones espirituales y comerciales. En 1583, había 200 iglesias en Japón y se estima que había 150.000 cristianos en todo el país, según Gaspar Coello.
La crisis social en Japón en los siglos XV y XVI, con continuas guerras y pobreza, hizo que muchos japoneses perdieran la fe en el budismo predominante y se convirtieran al cristianismo, que ofrecía esperanza y igualdad. Sin embargo, en 1587, Toyotomi Hideyoshi emitió una orden de destierro para los misioneros cristianos, temiendo su influencia.
Hideyoshi mostró inicialmente cierta tolerancia hacia los cristianos por motivos comerciales, pero luego ejecutó a los religiosos a bordo del galeón San Felipe en 1596, tras enterarse de un plan para convertir Japón al cristianismo. Posteriormente, Hideyoshi arrestó a franciscanos y cristianos japoneses, enviándolos a Nagasaki para su ejecución.
La persecución y el destierro de los cristianos marcaron el fin del auge del cristianismo en Japón, que había experimentado un rápido crecimiento y arraigo en la sociedad japonesa.


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Jesuitas y franciscanos predicando en Japón a inicios del siglo XVII. Pintura sobre biombo, por Kano Naizen. Museo Municipal, Kobe.
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El 5 de febrero de 1597, en Nishizaka, Nagasaki, todos los detenidos fueron crucificados y alanceados hasta la muerte ante una multitud de cuatro mil personas. Entre los católicos japoneses ejecutados se encontraban personas de diversas clases sociales, como Miguel Kozaki, fabricante de arcos y flechas, Cosme Takeya, forjador de espadas, Pablo Miki, miembro de una familia rica de Kioto, León Karasumaru, un antiguo bonzo convertido por los jesuitas, y Pablo Ibaraki, un antiguo samurái, entre otros. También había niños, como Luis Ibaraki, de once años, sobrino de Pablo.
La noticia de la muerte de los Veintiséis Mártires de Nagasaki llegó a todo el mundo cristiano. Pedro Martins, obispo de Japón, comunicó lo sucedido en Nagasaki a sus compañeros franciscanos en Europa. Además, se preparó espiritualmente a los cristianos nativos para el martirio, influenciados por el código del bushido japonés. Los cristianos japoneses asumieron el martirio como una muestra de fidelidad a Jesucristo.
A pesar de la persecución de 1597, las autoridades japonesas mostraron cierta tolerancia hacia los cristianos en los años siguientes. Sin embargo, en 1614, Tokugawa Ieyasu publicó una ordenanza de expulsión contra los sacerdotes católicos, desencadenando una campaña de persecución total contra los cristianos japoneses. Muchos sufrieron tormentos y torturas por mantenerse fieles a su fe, enfrentando el martirio como una prueba de fidelidad.
Narraciones posteriores muestran cómo la extrema fidelidad a la fe llevó a muchos cristianos japoneses al martirio voluntario. Por ejemplo, dos caballeros presenciaron la ejecución de cristianos condenados y, siendo también cristianos, se unieron a ellos en la hoguera. Un investigador japonés ha contabilizado un total de 950 mártires desde 1614 hasta 1633. En 1622 murieron 128 cristianos, mientras que en 1630 la cifra casi llegó a 200. En 1637, en la península de Shimabara, al este de Nagasaki, se produjo una gran rebelión cristiana que fue violentamente reprimida, lo que llevó al shogun a prohibir la entrada de occidentales en Japón. Esto marcó el comienzo de un período de aislamiento que duró tres siglos, durante el cual solo pequeñas células de católicos sobrevivieron en la clandestinidad. Tras su ilegalización, el Cristianismo no regresaría a Japón hasta la caída del shogunato y la restauración de la autoridad imperial. La imagen muestra la iglesia de Oura en Nagasaki, construida por sacerdotes franceses en 1863.